Pierwsze objawy niedoboru witaminy B12 są niespecyficzne i w pierwszej kolejności mogą być uznane za oznaki zmęczenia i osłabienia organizmu. Do najczęstszych objawów zalicza się: apatię, senność, szybsze męczenie się oraz problemy ze snem.
Do objawów dłużej utrzymującego się niedoboru witaminy B12 zaliczamy bladość skóry, częste zawroty głowy oraz nieprawidłowości w pracy serca.
Długotrwały niedobór witaminy B12 może powodować dolegliwości ze strony układu pokarmowego, chroniczne zmęczenie, trudności w koncentracji oraz wahania nastroju. Mogą pojawić się również zaburzenia neurologiczne, takie jak drętwienie kończyn, problemy z utrzymaniem równowagi. Długo utrzymujący się niedobór witaminy B12 w organizmie może przyczynić się także do anemii.